私募基金公司在山东进行备案的流程如下：

注册账号：通过电子系统网上提交信息。

是否为基金协会会员：如果是，填写会员代表信息；如果不是，申请加入协会，填写会员代表信息。

管理人登记：填写管理人基本信息。

协会办理：基金业协会在收到登记材料后，应当在20个工作日内，以网站公示的方式，为私募基金管理人办结登记手续。

在实际操作中，可能需要根据具体情况对备案流程进行适当调整。如需了解更多相关信息，你可以咨询专业人士。