工程亮资1000万的办理流程通常包括以下几个步骤：

商定操作办法：操作方与客户商定具体的操作办法，包括亮资的具体金额、时间、用途等，并核实客户是否愿意支付相应的贴息7。

准备资料：客户需提供相关的营业执照、企业代码证、贷款卡复印件等资料，并将有关原件及印章交给操作方保管，直至操作完成7。

新开账户：在银行开立一个新的账户，这通常是由需要亮资的一方来完成的10。

资金存入：操作方或资金方将约定的1000万资金存入新开立的账户中10。

银行出具证明：银行会根据账户中的资金情况出具相应的资金证明，如余额小票或其他形式的证明文件1。

资金撤出：在亮资完成后，资金方会按照约定的时间将资金撤出账户10。

归还资料：操作方在资金撤出后，将之前保管的企业资料和印章等归还给客户7。